一、马德里商标注册的优点
1.手续简单
商标申请人一般只需要通过一个机构(世界知识产权组织国际局)、使用一种语言(法语、英语或西班牙语)、提交一份申请、缴纳一次费用(日本和加纳除外)，就可以向除其原属国之外的其他所有加入相同条约的缔约方提出商标注册申请，从而免去了分别向这些缔约方的商标主管机关使用不同语言、提交不同申请、分别缴费的繁琐程序。
实践表明，通过马德里商标注册比去各国逐一申请商标注册在费用上更为便宜，申请的国家越多，费用节省得越多。
手续的简单和费用的低廉还体现在国际注册申请后的诸多程序当中，比如变更、转让、续展、删减、注销等申请也只需要提交一份申请、缴纳一次费用。
商标马德里国际注册的费用包括三部分：
1)基础注册费（黑白商标653瑞郎，彩色商标903瑞郎）；
2)指定国家的费用；
3)本国商标主管机关的费用。
无论指定一个成员国还是指定全部成员国，商标国际注册申请人均只需缴纳一份基础注册费，因此指定的国家越多越合算。
3.节省时间
从国际注册日起，如果被指定国在规定的期限内(依照协定书为12个月，依照议定书为18个月)没有向国际局发出驳回通知，该商标将在该指定国自动得到保护。
中国的商标国际注册申请人从向中国商标局提交商标国际注册申请书之日起，一般6个月左右即可取得世界知识产权组织(WIPO)国际局颁发的商标国际注册证明，其上载明商标的国际注册号和国际注册日。
二、马德里商标注册的缺点
1.必须以国内基础注册为前提
马德里注册必须以国内商标注册或者国内商标注册申请为基础。在《马德里议定书》项下，申请必须基于相同商标的国内注册或初步申请公告；在《马德里议定书》项下，申请必须基于相同商标的国家注册申请，因此在申请的时间上有一定的限制。
2.“中心打击”原则
通过商标马德里国际注册程序注册的商标，如果在注册之日起5年之内，基础注册或申请全部或部分被驳回、撤回、注销、撤消、放弃或宣布无效，那么其效力及于所有指定国，即该商标不得再要求国际注册给予的保护，而不管该商标的国际注册是否已经被转让，这项规定被称为“中心打击”原则。
好在通过《马德里议定书》进行的国际注册，可以自该商标被撤消之日起三月内，向所指定的议定书成员国商标主管机关提交一份申请，并按照各成员国的规定缴纳一定的费用，将该商标的国际注册转换为在该国家的国家注册。
3.没有统一的注册证
国际局在收到国际注册申请后会颁发一张国际注册证，但其效力仅类似于国内的受理通知书，且大多数缔约方的商标主管机关在审查之后一般也不再颁发注册证或核准通知书，只有在商标被全部或部分驳回的情况下，才向申请人发出驳回通知书。因此，申请人只有通过计算驳回期限的方式来推断自己的商标是否被相关缔约方的主管机关核准。
4.缺少后续程序
对于在各缔约方被驳回或被异议的国际注册申请，国际局不负责转交申请人需要向缔约方提交的复审或答辩书件，只能由申请人委托该缔约方认可的代理机构递交。
5.注册国家数量有限
截至目前，马德里体系的缔约方有94个，一些重要的国家还没有加入该体系，诸如北美、南美、中东、非洲、东南亚等地区的一些国家还徘徊在该体系之外，在很多情况下，国内申请人不得不同时选择通过马德里体系和逐一国家申请两种途径来申请商标。
6.无法享受到《巴黎公约》规定的优先权
要通过商标国际注册马德里协定进行商标的国外注册，无法享受到《巴黎公约》规定的优先权。因为马德里协定要求以基础注册为前提，而要完成基础注册，一般都需要一年以上的时间，超出六个月的优先权期限了。
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