一、商标使用许可问题
不得以商标注册人未将商标使用许可合同报商标局备案为由而否定其许可合同的效力（许可合同中明确约定备案为合同生效条件的除外）；商标被许可人违反许可合同约定，超出被许可使用商品或服务的范围、期限或数量的行为且构成商标侵权的，工商行政管理机关可以应许可人的请求依法查处，也可以依职权主动查处；商标独占使用许可的被许可人在许可合同有效期内可以作为商标权利人以自己的名义向工商行政管理部门投诉，但以其自己的名义出具的商标侵权证明不具有法律效力。
二、举证责任问题
根据《行政诉讼法》第三十二条和第四十三条的规定，被告对作出具体行政行为负有举证责任。国家工商总局《关于商标侵权案件调查取证有关问题的批复》（商标案字[2005]第223号）所称“涉嫌侵权人无正当理由无法提供经商标注册人许可证据或取得该证据的线索，即可以认定其未经商标注册人许可的事实无需商标注册人提供未予许可的证明”仅指查处违反《商标法》第五十二条第（一）规定“未经商标注册人的许可，在同一种商品或者类似商品上使用与其注册商标相同或者近似的商标”侵权行为，不得擅自将该调查取证方式扩大到查处其它商标侵权行为。
三、证据来源问题
采用涉外商标侵权定案证据应当遵循《最高人民法院关于行政诉讼证据若干问题的规定》（法释[2002]21号）第十六条的规定，当事人向工商行政管理机关提供的在我国领域外形成的证据，应当说明来源，经所在国公证机关证明，并经我国驻该国使领馆认证，或者履行我国与证据所在国订立的有关条约中规定的证明手续。当事人提供的在我国香港、澳门和台湾地区内形成的证据，应当具有按照有关规定办理的证明手续。
四、取证方向问题
反映在定牌加工或其它合作经营方式中的商标使用许可行为难免会产生因合作关系破裂，商标注册人单方面撕毁合同而挟怨报复出具未予许可的伪证问题。对此，工商行政管理机关查处商标侵权行为时，应本着有利于当事人的原则，一方面应根据举证责任规定，依法取得商标注册人未予许可的证明（如前所述，当事人涉嫌侵犯《商标法》第五十二条第（一）规定所指商标侵权行为，无正当理由无法提供经商标注册人许可证据或取得该证据的线索，无需商标注册人提供未予许可的证明），另一方面也应当主动收集对当事人有利的反证，即足以推翻商标注册人未予许可的证据。当然，商标注册人与当事人对工商行政管理机关依法取得的单一侵权定案证据表示认可的，工商行政管理机关可以对该定案依据直接予以认定，不必另外求证。
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