根据《商标国际注册马德里协定》、《商标国际注册马德里议定书》以及《商标国际注册马德里协定及该协定有关议定书的共同实施细则》的规定办理马德里商标国际注册申请的，申请人应在规定期限内向世界知识产权组织国际局（以下简称“国际局”）缴纳申请规费。根据国际局发布的收费标准，马德里商标国际注册新申请费用由以下部分组成：
一、基础注册费：653瑞士法郎（黑白图样）或903瑞士法郎(彩色图样)。
二、补充注册费：每个指定缔约方收取100瑞士法郎，要求单独规费的缔约方除外。
三、附加注册费：在有补充注册费的情况下，如商品/服务的类别超过3个，每增加1个类别，增加100瑞士法郎。
四、单独规费：某些缔约方会要求收取单独规费。
单独收取规费的国家及收费标准如下：
单独收费的标准不是固定的，国际局将根据汇率的变化或者应单独收费国因国内收费标准变化的要求及时将各国新的单独收费标准通知各成员国。括号内为集体商标收费标准。
另外，日本、加纳的单独规费分申请费和注册费两次收取。具体表现在：在新申请或后期指定中指定日本或加纳的，申请人先缴纳申请费，待日本特许厅或加纳工业产权局审查核准后，通过国际局通知申请人缴纳注册费。其中，日本申请费用为140瑞士法郎，注册成功后收取注册费用467瑞士法郎；加纳申请费用为156瑞士法郎，注册成功后收取注册费用104瑞士法郎。申请费可以由申请人或代理机构直接向国际局缴纳，也可以通过商标局转交；注册费需要根据国际局通知上的要求直接向国际局缴纳。实践中，申请人收到通知后，一般由代理机构直接依据指定账户付款，并要求列明付款明细进行付款。
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