在PCT申请进入国家的期限届满前，申请人必须决定是否进入国家阶段以及进入的国家。申请人可以选择直接办理进入目标国的进入手续，也可以选择办理通过欧洲专利局进入欧洲地区阶段的手续，待欧洲专利局授权后再到《欧洲专利公约》（简称“EPC”）的38个成员国和2个延伸国办理生效手续。
选择直接进入目标国的国家途径，还是通过欧洲专利局进入目标国的途径，取决于申请人希望进入的国家。如果申请人希望进入的欧洲国家仅一两个，且是英国或德国等可以直接通过PCT办理进入国家阶段手续的国家，则直接进入目标国的途径更经济、便捷。如果目标国为上述11个关闭了PCT申请直接进入其国家通道的国家，如法国，则必须经过欧洲专利局办理进入手续。如果申请人希望进入的目标国为欧洲地区多个国家，处于经济的考虑，更适于办理通过欧洲专利局进入欧洲地区阶段的手续，待欧洲专利局授权后再到EPC各成员国办理生效手续。
如果申请人希望获得欧洲专利，则必须进入的是“欧洲地区阶段”，意味着必须在期限内满足欧洲专利局作为指定局或选定局的进入欧洲地区阶段的要求。进入欧洲地区阶段的PCT申请被称为Euro-PCT申请。
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