在日本，发明专利申请一定要提起实审请求后方 可开始审查，提实审的期限为自日本申请日起 3 年内。 对于进入日本国家阶段的 PCT 申请，因 PCT 申请日 视为在日本的申请日，所以提实审的期限为自 PCT 申请日起 3 年内。而对于通过《巴黎公约》途径在日 本申请的专利，提实审的期限为在日本申请日起 3 年 内。这一点与我国以优先权日为期限的计算方法不同。 如果在规定期限内未提出实审请求，则该申请将被视 为撤回。
此外，与中国不同的是，日本专利法规定，任何 人都可以对发明专利申请提出实审请求，并不限于申请人。提实审的费用由提出请求的人负担。在申请人 或者第三者支付了实审请求费后，审查员开始进行实 质审查。
审查员在实质审查过程中若发现申请文件中存在 驳回理由，则会向申请人发出审查意见通知书。在日 本，审查意见通知书（无论是第几次发出的通知书） 均称为“驳回理由通知书”（以下称审查意见通知书）， 根据通知书内容分为“最初的驳回理由通知书”和“最 终的驳回理由通知书”（如果是“最终的驳回理由通 知书”，审查员会在通知书中的正文部分指出），这 样区分的原因是答复两种通知书的规定是有所不同的。
①最初的驳回理由通知书
申请人收到的次审查意见通知书属于“最初 的驳回理由通知书”。日本的审查指南规定，审查员 须在最初的驳回理由通知书中需要阐述全部驳回理 由。但是，有时候也会有可能遗漏，针对应该指出但 没有指出的驳回理由所发出的通知书，即使是第二次 审查意见通知书，其仍然属于最初的驳回理由通知书。
②最终的驳回理由通知书
“最终的驳回理由通知书”是指当申请人为了答 复最初的驳回理由通知书而对申请文件做出了合法修 改时，审查员针对修改后的内容发出的审查意见通知 书。通常而言，只有当申请人修改文件后出现了之前 没有出现的新的驳回理由时，审查员才会发出最终的 驳回理由通知书。如果申请人的修改未能克服最初的 驳回理由通知书中所指出的驳回理由，审查员可以直 接作出驳回决定。
3.授权决定
审查员经审查未发现驳回理由时，会做出授予该 申请专利权的授权决定。或者在申请人通过意见书 / 补正书 11 已消除了驳回理由的情况下，审查员也会做 出授权决定。
4. 驳回决定
在申请人通过意见书陈述意见或利用补正书对申 请文件进行修改但仍未能消除驳回理由的情况下，审 查员将对该专利申请作出驳回决定。
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